海洋科学与技术学院多年来培育形成了海洋科学、生物学、环境科学与工程三个一级学科。其中海洋科学是浙江海洋大学的主干优势学科，该学科整体实力在教育部第三轮学科评估（2012年）中进入全国同类学科前5名。

2012年6月，我院“海洋科学”学科和“生化与分子生物学”学科分别获批为浙江省重点学科；2014年3月，我院“海洋科学”一级学科获批为浙江省“重中之重”学科；2016年1月，我院海洋科学学科成为省“一流学科”A类学科，为我校进入省一流A类的两个学科之一。

海洋科学与技术学院主要的学科平台包括2个国家级平台、5个省部级平台。国家级平台有：“国家海洋设施养殖工程技术研究中心”；“海洋生物种质资源发掘与利用国家地方联合实验室”。省部级平台有：“浙江省海洋生物种质资源发掘与利用工程实验室”；“海洋设施养殖工程技术”省级2011协同创新中心；“浙江省海洋增养殖工程技术研究中心”、“浙江省海洋科技创新服务平台”和“浙江省海洋生物种质发掘与利用工程实验室”。